Desersi juga merupakan salah satu tindak pidana militer yang diadili oleh Pengadilan Militer di lingkungan Peradilan Militer. Desersi sendiri merupakan suatu tindakan pidana militer, dimana anggota atau prajurit mengingkari tugas dan jabatannya sebagai bagian didalam lingkungan militer. Atau dengan kata lain anggota atau prajurit tersebut pergi, atau meninggalkan tugas dan kewajibannya sebagai anggota kemiliteran tanpa adanya tujuan untuk kembali. Ketika prajurit atau anggota melarikan diri atau pergi begitu saja maka akan dianggap sebagai tindak pidana militer yang akan di adili dalam sidang Pengadilan Militer dilingkungan Peradilan Militer. Contoh peradilan militer yang terjadi dan lumayan menjadi perbincangan di Indonesia adalah kasus penyerangan dan pembunuhan tahanan di LP Sleman. Para pelaku penyerangan dan pembunuhan tahanan di LP Sleman, Serda Ucok Tigor Simbolon, Serda Sugeng Sumaryanto dan Koptu Kodik, anggota Kopassus Grup 2 Kandang Menjangan Kartasura, masing-masing dihukum penjara 11 tahun, 8 tahun, dan 6 tahun dan dipecat dari dinas militer. Diketahui 12 anggota Kopassus Kandang Menjangan Kartasura telah menyerang dan membunuh empat tahanan di Lembaga Pemasyarakatan Sleman, pada 23 Maret 2013 lalu.
Keempat tahanan itu adalah Hendrik Angel Sahetapi alias Deki, Adrianus Candra Galaga, Yohanes Juan Mambait, dan Gameliel Yermiayanto Rohi Riwu. Keempatnya ditahan karena membunuh anggota Kopassus, Sertu Heru Santoso, di sebuah cafe di Yogyakarta beberapa hari sebelumnya. Majelis hakim yang dipimpin Letkol ChK Djoko Sasmito dalam sidang hari Kamis, 5 September di Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta meyakini bahwa para terdakwa telah melakukan pembunuhan berencana. Dalam pembacaan keputusan hakim setebal 449 halaman, Hakim Djoko Sasmito memaparkan fakta bahwa para pelaku berembug, membawa senjata, melakukan perjalanan dari hutan Gunung Lawu, mencari korban di berbagai tempat di Yogyakarta, dan kemudian melakukan penyerangan ke LP Sleman dengan pembagian tugas bagi para pelaku yang seluruhnya berjumlah 12 orang. Para terdakwa tersebut di atas, terbukti secara sah dan meyakinkan, bersalah melakukan tindak pidana, kesatu secara bersama-sama melakukan pembunuhan berencana dan kedua, militer yang dengan sengaja tidak mentaati perintah dinas, yang dilakukan oleh dua orang atau lebih secara bersama-sama. Sebagaimana diatur dan diancam dalam pasal 340 KUHP junto pasal 55 ayat 1 KUHP dan pasal 103 ayat 1 junto ayat 3 KUHP M.